Su nombre se debe a su primer dueño, el español Don Juan de Sepúlveda a quien la Real Audiencia de la Nueva Galicia le otorgó un regalo de tierras de 171 hectáreas para formalizar lo que posteriormente sería una rica hacienda agrícola y ganadera.
Hotel Hacienda Sepúlveda se encuentra en la ruta del Camino Real a Zacatecas, por lo que en esta Hacienda se suscitaron diversas reuniones previas al inicio de la Independencia así como durante la guerra, por lo que se dice que Don Miguel Hidalgo y Costilla y otros insurgentes que tuvieron un papel importante en esta región se dieron cita en este lugar.
Y cuentan algunos cronistas que durante la Revolución fue tomada por Pancho Villa, pues era su paso obligado por Camino Real entre Lagos de Moreno y Zacatecas. En lo que ahora es la Máster suite Don Toribio se puede apreciar lo que era una ruta de escape secreto a la azotea.
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